Anomalies génétiques recherchées dans les tumeurs solides

1- A partir d’ADN

Panel de gènes Tumeurs Solides

AKT1  (exon  3, NM_001014431.1), ALK (exons 20, 21, 22  23,24  et  25, NM_004304.4), BRAF (exons 11 et 15, NM_004333.4), CTNNB1 (exons 2 à 4 et 6 à 8, NM_001904), EGFR (exons 18, 19, 20 et 21, NM_005228.4), ERBB2 (HER2)(exon 20, NM_004448.3), ERBB4 (exons 10 et 12, NM_005235.2),  FGFR2   (exons  7,  12   et   14,  NM_000141.4),  FGFR3   (exons  7,  9   et  14, NM_000142.4), HRAS (exons 2, 3 et 4, NM_005343.3), KIT (exons 8, 9, 11, 13, 17 et 18, NM_000222.2), KRAS (exons 2, 3 et 4, NM_004985.4), MAP2K1 (exon 2, NM_002755.3), MET (exons 2 et 14 à 20, NM_001127500.2), NRAS (exons 2, 3 et 4, NM_002524.4), PDGFRA (exons 12, 14 et 18, NM_006206.5), PIK3CA (exons 9 et 20, NM_006218.3), POLE (exons 9 à 14,  NM_006231)  RAC1  (exon  2,  NM_018890),  STK11  (exons  1  à  9,  NM_000455),  TERT

(promoteur).

Panel HRR (statut BRCA)

Toute demande de statut BRCA fera l’objet de l’analyse complète du panel HRR (15 gènes) et facturée au RIHN N453.

BRCA1, BRCA2, ATM, BARD1, BRIP1, CDK12, CHEK1, CHEK2, FANCL, PALB2, PPP2R2A, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L.

Panel de gènes Breast Cancer (93 gènes)

 Pour une analyse de ces gènes, faire une demande spécifique en précisant les gènes. Cette analyse sera facturée en fonction du nombre de gènes demandés.

ACVR1B, AKT1, APC, AR, ATM, ATR, AXIN2, BAP1, BARD1, BLM, BMPR1A (ALK3), BRCA1, BRCA2, BRIP1, CASP8 (FLICE), CBFB, CCND1, CDH1 (E-Cadherin), CDK4, CDK6, CDKN2A (p16INK4a), CHEK2 (RAD53), CSMD1, CTNNB1, DIRAS3, EGFR (ERBB1), EP300, EPCAM ERBB2 (HER-2, NEU), ERBB3, ERCC4, ESR1 (ERα), EXOC2, EXT2, FAM175A, FANCC, FBXO32, FGFR1, FGFR2, GATA3, GEN1, HERC1, IRAK4, ITCH, HOXB13, KMT2C, KRAS, MAP2K4 (MKK4, JNKK1), MAP3K1 (MEKK1), MDM2, MED12, MEN1 , MLH1, MRE11A, MSH2, MSH6, MUC16, NBN (NBS1), MUTYH, MYC, NCOR1, NEK2, NF1, PALB2, PALLD, PBRM1, PCGF2 (RNF110), PIK3CA (p110-alpha), PIK3R1 (p85-ALPHA), PMS1, PMS2, PPM1L, PTEN, PTGFR, RAD50, RAD51, RAD51C, RAD51D (RAD51L3), RB1, RET, SEPT9, SMAD4 (MADH4), SMARCA4, STK11 (LKB1), SYNE1, TGFB1, TP53 (p53), TRAF5 , VHL , WEE1, XRCC2, XRCC3, ZBED4

2- A partir d’ARN

Panel de gènes RNAseq (comprehensive sarcoma ArcherDX)

ALK, BCOR, BRAF, CAMTA1, CCNB3, CIC, COL6A3, CREB3L1, CREB3L2, CRTC1, CSF1, DDIT3, EMILIN2, EPC1, ERG, EWSR1,  FOXO1, FUS, GLI1, HMGA2, JAZF1, KANSL1, MEAF6, MET, MKL2, MYH10, NCOA2, NR4A3, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PAX3, PDGFB, PDGFD, PHF1, PLAG1, RET, ROS1, SS18, STAT6, TAF15, TCF12, TFE3, TFG, USP6, WT1, YWHAE

Booster V1 CHU

FGFR1, FGFR2, FGFR3, PAX8, PPARG

Booster TK Sunrise

ACVR2A, EGF, FGF1, FGFR1, FOS, FOSB, GRHL1, GRHL2, GRHL3, GRM1, HRAS, IGF1R, MAML2, MAP3K3,  MAP3K8, MERTK, MYB, MYOD1, NFATC2, NUTM1, PRKCA, TEK, VGLL2

• Variants KRAS exons 2, 3 et 4
• Variants NRAS exons 2, 3 et 4
• Variants BRAF exon 15
• Variants PIK3CA exons 9 et 20 (disponibles sur demande)

• Instabilité des microsatellites
• Variants BRAF exon 15
• Expression MLH1, MSH2, MSH6 et PMS2 en immuno-histochimie (IHC) en cas de phénotype instable
• Méthylation du promoteur du gène MLH1 

Cancers bronchiques (CBNPC)

• Variants de sensibilité EGFR exons 18, 19, 20 et 21
• Variants de résistance EGFR exon 20
• Variants KRAS exon 2
• Variants BRAF exon 15
• Variants HER2 exon 20
• Variants PIK3CA exons 9 et 20 (disponibles sur demande)
• Variants d’épissage exon 14 de c-MET (disponibles sur demande)
• Réarrangement Alk (IHC+/-RNAseq)
• Réarrangement Ros1 (IHC+/-RNAseq) 

Mélanomes métastatiques

• Variants BRAF exon 15
• Variants NRAS exons 2 et 3
• Variants c-KIT exons 11, 13 et 17 (pour les mélanomes acrolentigineux, de Dubreuilh et muqueux) (sur demande)

Tumeurs des tissus mous et GIST

• Liposarcomes bien différenciés / dédifférenciés
  Amplification de MDM2
• Tumeurs desmoïdes
  Variants CTNNB1 (gène de la ß-caténine) exon 3
• Myxomes instramusculaires
  Variants GNAS exon 8
• GIST (tumeurs stromales gastro-intestinales)
  Variants c-KIT exons 9, 11, 13 et 17
  Variants PDGFRα exons 12, 14 et 18

Tumeurs et pseudo-tumeurs osseuses

• Ostéosarcomes de bas grade / dédifférenciés
  Amplification de MDM2
• Tumeurs à cellules géantes
  Variants de H3F3A exon 1
• Chondroblastomes
  Variants de H3F3B exon 1
• Dysplasies fibreuses
  Variants du gène GNAS exon 8
• Tumeurs cartilagineuses
  Variants IDH1 et IDH2 exon 4

Tumeurs gliales

• Expression du variant R132H en IHC
• Expression d’ATRX en IHC
• Expression de P53 en IHC
• Variants IDH1 et IDH2 exon 4
• Méthylation du promoteur du gène MGMT

Autres tumeurs

• Instabilité des microsatellites
• Expression MLH1, MSH2, MSH6 et PMS2 en immuno-histochimie (IHC) (en cas de phénotype instable)
• Méthylation du promoteur du gène MLH1

• Variants du gène de la β-caténine, CTNNB1 exons 2-4, 6, 7 et 8

• Variants du gène de la β-caténine, CTNNB1 exon 3

• Variants BRAF exon 15

• Recherche de l’antigène T du polyomavirus de Merkel